電子カルテで使える補助金とは？IT導入補助金など詳しく解説【2025年最新】

電子カルテの導入において、効果的な支援を受ける手段として注目されているのが、IT導入補助金です。従業員300人以下の医療法人や従業員20人以下の個人事業主が対象となり、補助金を活用することで、効率的で先進的な電子カルテの導入が可能となります。しかしながら、補助金の利用には様々な条件があり、ITツールに関しては特定の製品に限られる点も留意が必要です。

この記事では、電子カルテ導入におけるIT導入補助金の概要や条件について詳しく解説します。また、他の補助金との併用や、電子カルテ以外の関連補助金についても取り上げ、医療機関がより効果的に補助金を利用して電子カルテの導入を進めるための情報を提供します。これにより、補助金を活かし、効率化や患者サービス向上に貢献する電子カルテの導入に一歩近づきましょう。

また、以下の記事では電子カルテ製品の比較をしています。ぜひ電子カルテ導入を検討の際にお役立てください。

電子カルテ比較45選をタイプ別に解説｜診療情報を一元化し業務を効率化【2025年最新・比較表】

1. そもそも補助金とは何か？

補助金は、国や地方公共団体が事業者に対して返済不要な金銭の給付を行う仕組みです。これは、国の政策目的にマッチする事業者（法人・個人など）の活動を金銭的に支援し、政策目標を達成するための手段となっています。

補助金制度は、税金などの貴重な財源を使用するため、法令や予算での定めに基づき、公正かつ効率的に給付されます。補助金に関連する法律として、「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律」や「地方自治法232条」などが存在します。政府が金銭を給付することは「交付する」と表現されます。

ただし、補助金は必ずしも受給できるわけではありません。補助金の手続きは必要であり、公益性や各補助金の支給目的に基づき、一定の申請条件や審査が設けられています。審査によって補助金を交付する事業者を選ぶことを「採択」と呼び、採択された事業者は「交付決定事業者」となります。

なお、補助金には給付金や助成金などが類似していますが、法律上の厳密な定義はなく、補助金という言葉で統一します。これらの仕組みは、国の政策目標を達成するために事業者をサポートする重要な手段です。

2. 電子カルテ導入に有効なIT導入補助金

電子カルテの導入には、システム購入費や運用コストなど、ある程度の初期投資が必要です。しかし、その費用負担を大幅に軽減できる公的な支援制度があることをご存知でしょうか。その代表格が、国が中小企業や医療機関のIT化を支援する「IT導入補助金」です。ここでは、その制度の概要について詳しく解説します。

IT導入補助金とは？

中小企業庁が展開する「サービス等生産性向上IT導入支援事業」、通称「IT導入補助金」は、中小企業・小規模事業者に加え、医療機関も手厚くサポートしています。この補助金は、生産性向上に向けた設備投資、IT導入、販路開拓を支援し、将来の成長を促進することを目的としています。

医療法人やクリニックにおいては、従業員数が300名以下であれば、IT導入補助金の対象となります。これにより、診療所も含めた医療機関が手軽に補助金を利用できる状況です。

IT導入補助金は、中小企業などのITツール導入を支援し、それによって労働生産性を向上させることを目的としています。政府は2023年度補正予算案で、ものづくり補助金を含む中小企業生産性革命推進事業に2000億円を計上し、これによって補助金が拡充されました。経済産業省は補助金の対象企業に、補助事業者全体の労働生産性が事業終了後3年で9％以上向上することを成果目標として提示しています。

医療法人やクリニックにおいては、資本金や出資額に関わらず、従業員数が300名以下であれば補助金の対象となります。この補助金を有効活用することで、電子カルテの導入など、ITを駆使した効率的な医療サービスの提供が可能となります。

3. 2025年（令和7年度）最新のIT導入補助金の種類

2025年度（令和7年度）の IT導入補助金（サービス等生産性向上IT導入支援事業）では、複数の申請枠／類型が設けられており、中小企業・小規模事業者は、自社に適した類型を選択して申請することになります。公式サイトでは、通常枠・インボイス枠・セキュリティ対策枠・複数社連携枠といった類型が明示されています。

本章では、主要な類型と押さえておきたいポイントを整理します。

参考 > IT導入補助金2025

通常枠（A・B類型）

通常枠は、最も幅広い事業者が利用できる基本的な枠組みで、業務効率化や生産性向上を目的とした IT ツールの導入を支援します。対象となる経費は、ソフトウェアの購入・クラウド利用料・導入支援費用（設定、研修、マニュアル作成など）と多岐にわたり、幅広い業種・業態で活用可能です。
補助率は原則 1/2以内 ですが、一定の要件（例：最低賃金近傍事業者への賃上げ取り組みや生産性向上計画の提出など）を満たすと、補助率 2/3 に引き上げられる特例も設けられています。
この枠の最大の魅力は汎用性の高さにあり、自社の業務課題に合わせて IT ツールを柔軟に選択できる点です。ただし、対象となる IT ツールは「事前に登録されたもの」に限られるため、申請の際は利用予定ツールが対象リストに含まれているかの確認が不可欠です。

インボイス枠（インボイス対応類型）

インボイス制度（適格請求書等保存方式）に対応するためのシステム導入を支援するのがこの枠です。会計ソフト、受発注ソフト、決済システムなど、インボイス対応が必須となる業務領域にフォーカスしており、制度開始後に生じる中小企業や個人事業主の事務負担を軽減することが狙いです。
補助率は特に小規模事業者に有利に設定されており、50万円以下の導入であれば最大4/5、中小企業でも3/4が補助されます。50万円を超える場合は2/3以内となるため、大規模導入でも一定の負担軽減が見込めます。さらに、この枠ではパソコンやタブレット、レジ・券売機などの ハードウェアも対象 となるため、ソフトとハードを一体的に整備できる点が特徴です。
ただし、インボイス対応の要件を満たすツールでなければ補助対象外となるため、事前の確認と専門家相談が推奨されます。

インボイス枠（電子取引類型）

こちらは、発注者側が主導して取引全体をインボイス対応させる仕組みを整備する際に活用される枠です。具体的には、発注元が受発注システムを導入し、それを取引先（仕入れ先や下請け企業）にも展開するケースが想定されています。
補助率は中小企業・小規模事業者の場合 2/3以内、それ以外の事業者は1/2以内となっており、補助上限は最大350万円と比較的高額に設定されています。下限額が設定されていないため、小規模な導入でも利用しやすいのが特徴です。
この類型の強みは、単なる自社の効率化にとどまらず、取引先も巻き込んで業務全体のデジタル化を推進できる点にあります。その一方で、発注者が主体となることから、導入計画や取引先との調整に時間と労力がかかる可能性があるため、スケジュール設計を慎重に行うことが重要です。

セキュリティ対策推進枠

近年、サイバー攻撃や情報漏洩リスクが増大する中で設けられたのが「セキュリティ対策推進枠」です。補助対象となるのは、「サイバーセキュリティお助け隊サービス」など事前に認定されたセキュリティ関連サービスで、ウイルス対策や監視・診断サービス、セキュリティ運用サポートなどが含まれます。
補助率は中小企業で 1/2以内、小規模事業者では 2/3以内 と優遇されており、補助額は5万円から150万円程度が目安です。
この枠の特徴は、単なる導入補助ではなく「セキュリティ水準の底上げ」を目的としている点です。特に医療・金融・小売など顧客情報を扱う業種にとっては重要な制度であり、補助を利用して早期に対策を講じることで、社会的信用や取引継続性の確保にもつながります。ただし、対象サービスが限定されているため、導入したいソリューションが補助対象かどうかの確認が必須です。

複数社連携 IT導入枠

複数社連携枠は、商店街・業界団体・地域の事業者グループなど、複数の中小企業や小規模事業者が連携して IT 導入を行う場合に活用できる大規模枠です。例えば、地域全体で共通の受発注プラットフォームを構築したり、業界横断的な販売管理システムを整備したりするケースが想定されています。
補助額は最大で 3,000万円規模 と非常に大きく設定されており、個社単独では難しい大型プロジェクトの実現を後押しします。また、事務局運営費や専門家へのコンサル費用も補助対象となるため、体制づくりからシステム構築まで幅広くカバーできます。
一方で、この枠は申請に必要な準備や事務量が多く、複数社の合意形成・役割分担・スケジュール調整が不可欠です。補助金を活用することで地域全体の DX 推進を進められる反面、計画立案やマネジメントの難易度が高い点に留意が必要です。