年末調整システムを12選比較！国税庁ソフトとの違いや選び方を解説

年末調整の電子化にともない、多くの企業で申告方法の見直しが検討されています。従来の紙ベース申請では、回収や配布に時間を要するだけでなく、手入力によるヒューマンエラーが課題です。

年末調整システムは担当者の負担軽減のほか、従業員の申請作業時間を削減できるメリットがあります。業務効率を最大化させるためには、自社に適した年末調整システムを導入することが重要です。

本記事では、おすすめの年末調整システムを紹介します。メリットやデメリット、国税庁が提供する年調ソフトとの違いもまとめているので、業務の効率化や生産性向上につなげたい方は、ぜひ参考にしてください。

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年末調整システムとは

年末調整システムとは、年末調整業務を自動化できるシステムのことです。Webを利用して年末調整を申告できるため、従来の紙ベース作業のように送付などの手間をかけずに申告書を素早く回収できます。

年末調整システムで利用できる主な機能は、以下の通りです。

• 申告書の配布・回収
• 申告書の進捗管理
• 入力サポート
• 過去データの確認
• 給与計算システムとの連携
• 法改正の自動更新

年末調整業務をスムーズに進められる機能を備えているため、年末調整システムの導入により業務効率化が期待できます。

年末調整電子化の必要性

年末調整は2020年10月以降に電子化が実施可能となり、2023年1月以降、一部の企業で義務化されています。義務化の対象は、年末調整の申告書枚数を100枚以上発行している企業です。対象の企業は、年末調整の申告書をe-Tax、またはCDやDVDなどで提出する必要があります。

なお、2027年以降は年末調整の申告書枚数30枚以上の企業が義務化の対象になります。したがって、年末調整の電子化は今後広く義務化されるでしょう。

参照：国税庁｜年末調整手続の電子化について～システム改修編

参照：【e-Tax】国税電子申告・納税システム（イータックス）｜法定調書のe-Tax等による提出義務化の概要について

年末調整システム導入により担当者が得られるメリット

ここでは、年末調整システムにより担当者が得られるメリットを紹介します。

自社の課題を解決できるか判断するポイントとして、参考にしてください。

1.業務負担を軽減できる

年末調整システムでは必要なデータを取り込めるため、担当者の負担を大幅に軽減できる点がメリットです。担当者の負担がかかりやすい入力作業や配布・回収、差戻し依頼といった業務を年末調整システムでは自動化できます。

年末調整では申請書の不備や提出の催促など、従業員1人ひとりへの対応も必要となり、業務量は膨大になりがちです。

年末調整システムでは従業員への対応も可能なため、問い合わせ対応による負担を軽減できます。年末調整の時期のみ残業が増えてしまう企業に、年末調整システムはおすすめです。

2.ヒューマンエラー対策ができる

年末調整システムでは申告データの入力だけでなく、控除額や過不足税額を自動計算してくれるためヒューマンエラー対策ができます。紙ベースの場合、担当者は全従業員の年末調整の計算をする必要があります。

従業員別に給与や控除額などが異なるため、計算作業の煩わしさもネックな点です。一方、年末調整システムは煩雑な計算を自動化できるほか、年度別に管理している従業員データを複写できます。人的ミスを削減できるため、作業の効率化に寄与します。

3.コストを削減できる

年末調整システムを導入すると業務コストの削減が見込まれるため、自社の利益向上が期待できます。紙ベースで年末調整の申請書を配布する場合、用紙代やトナー代、郵送代などが発生するほか従業員数が多いほど負担は大きくなります。

一方、年末調整システムはWebを利用して年末調整を申告するシステムのため、ペーパーレス化が実現可能です。また、業務効率化により、人件費を削減しやすい点も年末調整システムを導入するメリットといえます。

年末調整システム導入により申告者が得られるメリット

年末調整システムには入力ガイドやヘルプセンターがついているものもあるため、スムーズに申告できる点がメリットです。入力方法がわからない場合でも、担当者へ都度問い合わせする手間がかかりません。

問い合わせの回答を待つ必要がないため、従業員はストレスなく申告できます。また、2年目以降は個人情報のデータが自動的に表示されることから、紙ベースのように毎年記入せずに済みます。

パソコンやスマートフォンなどから申告できるため、場所を選ばず作業ができるほか、申告書の持参も不要です。したがって、煩わしい作業の手間が削減されるため、年末調整システムは担当者だけでなく、申告者となる従業員にもメリットをもたらします。

年末調整システム導入により生じるデメリット

ここでは、年末調整システムの導入によるデメリットを紹介します。

業務効率の悪化を防げるよう、懸念点を押さえたうえで導入を検討しましょう。

1.導入コストが発生する

年末調整システムの導入には、初期費用やランニングコストが発生する点に注意が必要です。利用する製品によって料金体系は異なりますが、従業員の人数分に応じて年額または月額費用がかかります。

また、担当者や従業員は操作方法に慣れる必要があり、自社にシステムが定着するまでは人件費がかかる点も考慮しなければなりません。導入したからといって、すぐに自社の利益向上が見込めるわけではない点についても押さえておきましょう。

2.社内でシステムの統一を図る必要がある

社内でシステムの統一を図れるよう調整しなければ、業務効率が悪くなってしまう可能性が考えられます。年末調整の電子化が義務化されていない企業の場合、Webと紙2通りの申請が発生するためです。

また、ルールが定まっていないと従業員を困惑させてしまい、担当者が問い合わせなどに追われる場合も少なくありません。年末調整システムを導入する際は従業員の理解が重要となるため、アナウンスの周知やルール作りを徹底する必要があります。

3.付随する業務負担の可能性を考慮する

ノンコア業務が発生する可能性も考慮のうえ、年末調整システムの導入を検討しましょう。パソコンやスマートフォンの操作に不慣れな従業員もいるため、慣れないうちは社内でもサポート体制を設ける必要があります。

また、年末調整システムはマイナポータル連携が可能です。マイナポータル連携をすると、マイナポータル経由で控除証明書などのデータを一括取得し、年末調整で自動入力できるため作業時間が削減できます。

とはいえ、マイナポータル連携を活用する場合、マイナンバーカードの取得やマイナポータルの利用登録を従業員に促進する業務が増えます。そのため、付随する業務負担が生じて費用対効果を得られない可能性もあるでしょう。

国税庁の年調ソフトと民間が提供する年末調整システムの違い

年末調整システムには、国税庁の年調ソフトと民間が提供する製品があります。

年調ソフトと民間が提供する年末調整システムの違いをまとめたので、導入を検討する際の参考にしてください。

無料と有料の違い

年調ソフトと民間が提供する年末調整システムでは、費用面に違いが生じます。年調ソフトとは国税庁が提供する無料アプリのため、ダウンロード後すぐに使用可能です。

導入費用や利用料が発生しない点から、費用面を重視したい場合は年調ソフトの方がおすすめです。ただし、年調ソフトはサポート体制が整っていないため、トラブル発生時は自身で解決へ向けた対応をする必要があります。

対して、民間が提供する年末調整システムは利用にあたって月額または年額や初期費用、サポート費用などのコストが発生します。

クラウド型とインストール型の違い

年調ソフトはインストール型（オンプレミス型）のみの提供となり、クラウド型は利用できません。インストール型とクラウド型の違いは、以下の通りです。

民間の年末調整システムではインストール型とクラウド型の両方を提供しているため、自社に適した製品を選びやすいでしょう。

管理方法の違い

年調ソフトと民間の年末調整システムでは、進捗状況の把握のしやすさにも違いがあります。年調ソフトは提出状況の管理ができないため、各従業員の進捗状況をExcelなどで別途管理する必要があります。

一方、民間の年末調整システムは提出状況を管理してくれるだけでなく、未提出の従業員に催促メールを一括で送信してくれる製品もあるのが特徴です。従業員の提出状況を一元化したい場合は、民間の年末調整システムがおすすめです。

年末調整システムの種類

年末調整システムは、大きく3つに分類されます。各タイプの違いは、以下の通りです。

タイプによって特徴が異なるだけでなく、効率化を図れる業務内容にも違いがあります。予算や業務環境を踏まえたうえで、自社に適切な製品タイプを選びましょう。

年末調整システムを選ぶときの比較ポイント

年末調整システムにはさまざまな種類があり、業務効率化を図るためには、自社に適した製品の導入が重要です。

以下で年末調整システムを選ぶときの比較ポイントを紹介するので、ぜひ参考にしてください。

1.帳票の種類とフォーマットの充実性

年末調整システムは、製品によって電子化可能な帳票の種類とフォーマットの充実性が異なります。電子提出を対象とする年末調整関係書類は、以下の通りです。

• 源泉徴収票
• 給与支払報告書
• 扶養控除等申告書
• 配偶者控除等申告書兼年末調整に係る定額減税のための申告書
• 保険料控除申告書
• 住宅ローン控除申告書
• 基礎控除申告書
• 所得金額調整控除申告書
• 保険料や住宅借入金など控除証明関係の書類

基本的な帳票は電子提出の対象となるため、電子化可能か確認しておきましょう。また、帳票の種類が充実しているだけでなく、フォーマットが法令に準拠していると毎年実施する年末調整業務の効率化が期待できます。

2.使いやすさ

年末調整システムは担当者だけでなく従業員も申請時に使用するため、入力項目がわかりやすいか確認するのがポイントです。業務効率化が導入目的となることから、入力操作が難しければ担当者と従業員いずれも負担がかかってしまいます。

問い合わせの手間を削減できるよう「入力マニュアルがわかりやすいか」「迷わず情報を入力できるか」といった点に注目しましょう。サポート体制が整っている製品であれば、トラブル時も迅速に対応できます。

3.管理機能

年末調整システムの業務効率化を図るためには、管理機能の使いやすさが重要です。従業員とのやりとりや進捗状況の管理は、業務負担が大きくなる原因といえます。

年末調整システムによっては、提出状況を一元化できるサポートがついています。未提出者をピックアップできたり、催促メールを一括送信できたりする製品もあるため、管理機能が充実しているものを選ぶのがおすすめです。

4.既存システムとの連携

年末調整システムは給与システムや労務システムなど、既存のシステムと連携できると、入力ミス軽減につながります。年末調整では従業員や給与の情報が必要となるため、各システムと連携できると入力の手間を削減可能です。

連携できない場合、データ移行の手間やシステムの併用が必要となり、年末調整システムのメリットを得られない場合があります。また、APIやCSV形式でのデータ連携に対応できるものもあるため、年末調整システムを選ぶ際は、既存システムと連携できるか事前に確認しておきましょう。

5.セキュリティの高さ

従業員の個人情報を取り扱うため、セキュリティ対策が万全な年末調整システムを選びましょう。年末調整システムによって、セキュリティ機能は異なります。

セキュリティ機能で確認したいポイントは、以下の通りです。

• 国際認証報告書や第三者機関の認証を取得しているか
• 不正アクセス防止対策はどのようになっているか
• システムの監視体制は整っているか
• 通信データとサーバー本体を暗号化して保存しているか
• 二段階認証を実施しているか

個人情報は慎重に取り扱う必要があるため、製品を提供する企業の信頼性を踏まえたうえでの検討が重要です。

年末調整システムおすすめ12選

ここからは年末調整ができるおすすめのシステムをご紹介します。年末調整機能がある給与計算ソフト・労務管理システムもあわせて比較してみてください。

マネーフォワード クラウド年末調整

弥生給与Next

ジンジャー給与

フリーウェイ給与計算

SmartHR

クラウドハウス労務

freee人事労務

ジョブカン労務HR

HybRid

HRBrain

ジンジャー人事労務

ロウムメイト

労務管理システム・給与計算ソフトの徹底比較記事も合わせてご覧ください▽
監修記事｜おすすめの給与計算ソフト18選。企業規模別に徹底比較【2025】

年末調整システムの導入事例

年末調整システムの導入により、どのような課題を解決できるのか理解したうえで検討することが大切です。

ここでは、年末調整システムにより業務効率化に成功した企業の導入事例を紹介するので、ぜひ参考にしてください。

導入事例1.システム導入により年末調整時期の残業0を実現

三菱総研DCS株式会社様は既存システムが自社に適していなかったため、新たなシステム導入を検討していました。季節性業務を代行できる「人事給与システムPROSRV（プロサーブ）」の導入により、残業代の大幅な削減に成功した事例です。

関連記事：人事給与システム PROSRV（プロサーブ）の導入事例

導入事例2.案内・回収・進捗管理の業務効率と時間短縮に成功

南国殖産株式会社様は、従業員数2,000名以上の大企業のため年末調整の運用に多くの課題を抱えていました。アンケート形式で年末調整の回答ができる「SmartHR」を導入し、年末調整の再通知機能やマイナンバー管理機能の活用により、業務効率化を実現した成功事例です。

関連記事：SmartHRの導入事例

導入事例3.1週間かかっていた年末調整の業務時間を24時間に短縮

freee株式会社様は従業員数の増加にともない、従業員情報の最新Excelデータが素早く確認できないことで業務効率の低下を招いていました。労務情報を一元化できる「freee人事労務」の導入により最新データを素早く確認できるようになり、年末調整の業務時間を大幅に短縮できた成功事例です。

関連記事：freee人事労務の導入事例

まとめ

本記事では、年末調整システムのメリットやデメリット、選び方を紹介しました。

年末調整システムは担当者と申請者となる従業員どちらの作業時間も削減できます。入力サポートやマニュアルが用意されており、問い合わせ対応のストレスなく業務を進められるのも導入のメリットです。

年末調整システムを導入する際は、導入効果を最大化できるよう、使いやすさや管理機能などを比較したうえで検討することが大切です。

現状の課題を踏まえたうえで、最適な年末調整システムを選び、生産性向上や業務の効率化につなげましょう。

労務の負担を減らすおすすめの労務管理システムはこちらで解説しています▽
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