電子帳票システム比較9選（全30選）｜管理・作成・配信の3タイプ別で紹介【監修コメント付き・2026年最新】

「請求書の印刷・封筒詰め・発送作業に毎月追われている…」
「電子帳簿保存法やインボイス制度への対応、何から手をつければいいか分からない…」
――これらの根深い課題は、電子帳票システムの導入によってまとめて解決できるかもしれません。

本記事では、おすすめ電子帳票システムを「管理特化」「作成特化」「配信特化」の3つのタイプに分類し、自社の規模や課題に合った製品の選び方をわかりやすく解説します。数ある電子帳票システムの中から自社に最適なものを選ぶためのポイントから導入のメリット、注意点までを網羅的に解説します。

＼一括で電子帳票システムを比較し、導入を検討したい方はこちら！30秒でご提供できます。／
価格や製品機能など、見やすい一覧表から、気になる製品をまとめてチェック!

1. 電子帳票システムとは？

電子帳票システムとは、帳票の作成、管理、配信などの業務プロセスを組織や企業が効率的に行うためのソフトウェアベースのシステムです。帳票をPCで作成したり、今まで紙だった帳票をデジタルフォーマットに置き換えることでデータとして一元管理、取引先へ配信することができます。今まで手作業だった業務がすべてPCひとつで解決できるようになります。

経済産業省の『電子商取引実態調査』によれば、国内企業の約70%が帳票のデジタル化に取り組み始めており、特に中堅・大企業で導入が進んでいます。
参照：令和 6 年度電子商取引に関する市場調査の結果

電子帳票システムの機能別3タイプ

電子帳票システムは、その得意分野によって大きく3つのタイプに分けられます。まずは自社の課題がどのタイプで解決できるのか、大枠を掴むことが重要です。

例えば、「過去の書類を探すのに時間がかかる」「紙の書類が多くてテレワークが進まない」といった課題には管理・保管タイプが適しています。一方で、「毎月の請求書発行業務が大変」という悩みには作成・発行タイプが有効です。

ＴＯＭＡコンサルタンツグループ株式会社/取締役持木 健太

システムを選定する際には、まず自社の課題を事前に明確にすることが不可欠です。他社の成功事例が必ずしも自社にとっての最適解とは限らず、そのまま適用できないケースも少なくありません。加えて、既存システムとの連携性や業務フロー全体との親和性も、システム選定における重要な要素となります。

2. プロが厳選！電子帳票システムおすすめ9選【タイプ別】

3. 電子帳票システムの主な機能

3つのタイプ別に搭載されている主な機能を知ることで、各製品の特徴がより明確になります。自社に必要な機能がどのタイプに含まれているかを確認しましょう。

① 帳票管理・保管タイプの主な機能

このタイプは、紙やPDFなど、あらゆる帳票を取り込んで一元管理することに長けています。

帳票管理・保管タイプの製品比較をこちら

② 帳票作成・発行タイプの主な機能

このタイプは、既存のフォーマットを再現したり、法制度に対応した帳票を効率的に作成・発行したりします。

帳票作成・発行タイプの製品比較はこちら

③ 帳票配信タイプの主な機能

このタイプは、作成した帳票を取引先の希望に応じて様々な方法で自動的に届けます。

帳票配信タイプの製品はこちら

ＴＯＭＡコンサルタンツグループ株式会社/取締役持木 健太

請求書の送付方法を郵送からWeb配信やメール配信に変更することで、コスト削減や効率化が実現できます。一方で、郵送での受領を必須としている企業も存在します。その場合は、郵送代行サービスの利用や、自社での郵送手配が必要となるため注意が必要です。

4. 失敗しない！電子帳票システム選びの5つのポイント

多機能な電子帳票システムですが、導入で失敗しないためには、自社の目的や状況に合った製品を選ぶことが不可欠です。ここでは、選定時に必ず確認すべき5つのポイントを解説します。

ポイント1：法令対応は万全か（電子帳簿保存法・インボイス制度）

最も重要なポイントは、法令要件を確実に満たしているかです。特に国税関係書類を扱う場合、電子帳簿保存法への対応は必須です。公益社団法人日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）が認証した製品に付与される「JIIMA認証」は、選定における一つの安心材料になります。また、インボイス制度に対応した請求書が発行・保存できるかも必ず確認しましょう。

インボイス制度への対応と合わせて、近年注目されているのが「デジタルインボイス」です。デジタルインボイスとは、国際標準規格（Peppol）に基づき、請求書データをシステム間で直接やり取りできる仕組みのことです。PDFをメール添付する従来の電子請求書とは異なり、データ形式が統一されているため、受け取った側での再入力や変換作業が不要になり、経理業務を一層効率化できます。

＞デジタルインボイス対応の製品一覧｜デジタルインボイス推進協議会

ＴＯＭＡコンサルタンツグループ株式会社/取締役持木 健太

デジタルインボイスは普及がなかなか進んでいませんが、日本全体の効率化やグローバル対応には、必要な制度となります。主要な電子帳票サービスを提供している企業は、EIPA（デジタルインボイス推進協議会）の会員に所属しており、デジタルインボイス対応済みサービスとして提供しております。将来的な効率化を見据えて、JIIMA認証だけでなくデジタルインボイス対応済みサービスを選択しておくことも重要な観点になるかと思います。

ポイント2：自社の帳票業務（発行・受領）に合っているか

自社の業務フローの中で、どこに一番課題を感じているかを明確にすることが大切です。「請求書の発行に時間がかかりすぎている」のであれば発行・作成タイプ、「取引先から届く大量の紙の請求書処理が大変」なのであれば管理・保管タイプが適しています。両方の課題を抱えている場合は、どちらの機能も備えたハイブリッドな製品が候補になります。

ポイント3：既存システム（会計・販売管理など）と連携できるか

電子帳票システムは単体で使うよりも、既存のシステムと連携させることで真価を発揮します。例えば、「販売管理システム」の売上データをCSVで取り込んで請求書を自動作成したり、受領した請求書のデータを会計システムにAPI（アプリケーション・プログラミング・インターフェース）で直接連携したりできれば、業務は劇的に効率化します。

ポイント4：誰でも使いやすい操作性とサポート体制か

システムは導入して終わりではありません。ITに不慣れな人でも直感的に操作できるかは非常に重要です。多くの製品で無料トライアルが提供されているので、実際に操作感を試してみましょう。また、導入時の設定支援や、トラブル発生時のサポート体制が充実しているかも確認しておくと安心です。

ポイント5：料金体系は事業規模に見合っているか

料金体系は主に「月額固定制」と「従量課金制」に分かれます。毎月一定量の帳票を扱う場合は月額固定制、帳票の量に波がある場合は従量課金制が向いているでしょう。初期費用やオプション料金も含め、自社の事業規模に見合ったコストで運用できるか、複数の製品を比較して検討しましょう。

自社に必要な機能要件を整理する際は、比較リストを使うとスムーズです。比較表は「おすすめの電子帳票システムの料金・機能・セキュリティ比較表 」よりダウンロードしていただけます。

ＴＯＭＡコンサルタンツグループ株式会社/取締役持木 健太

電子帳簿保存法のシステム要件を自社ですべて確認することは、非常に困難です。JIIMAは国税庁の一問一答でも言及されている信頼できる組織です。システム選定の際は、JIIMA認証を取得しているか必ず確認するようにしましょう。

5. 電子帳票システムのメリット5つ

電子帳票システムを導入することによって、企業は多くのメリットを得ることができます。本章では、電子帳票システムによって得られる主なメリット5つを確認していきましょう。

1. 帳票関連の業務効率化
2. 人為的ミスの減少
3. 帳票の機密性向上
4. 帳票の紛失リスク低減
5. 帳票関連のコスト削減

1. 帳票関連の業務効率化

電子帳票システムを使用すれば、帳票を電子データとして一括管理できます。今までの手作業がPC作業となるため、紙の帳票を使用する場合と比べて帳票の記入、管理、郵送などの業務プロセスを効率的に行えるようになります。時間や労力の節約を見込めます。

2. 人為的ミスの減少

同様にPC作業となり作業が自動化することで、人為的ミスの減少も期待できます。帳票の記入や郵送先の間違いなど帳票関連の業務には様々なミスが予想されますが、電子帳票システムを導入することでそれらの人為的ミスは減少します。

3. 帳票の機密性向上

電子帳票システムは帳票を電子データとして管理するため、紙の帳票のように持ち運びの必要もなくセキュアに保存することができます。帳票は企業の重要な情報を取り扱う場合もあるので、機密性を向上させるに越したことはありません。

4. 帳票の紛失リスク低減

帳票を電子化することで帳票を持ち運んだり、保管するスペースは必要なくなるので、どこかに置き忘れたり、保管場所を忘れるといった帳票を紛失するリスクがなくなります。また、バックアップにデータを保存することができるので、万一の震災時などにも安心です。

5. 帳票関連のコスト削減

紙の帳票には、帳票の紙代、印刷費用、郵送費、保管費用など様々なコストがかかります。電子帳票を使用することで、それらの帳票関連のコストを削減できます。また、ペーパーレス化により環境への負荷も減少します。

ＴＯＭＡコンサルタンツグループ株式会社/取締役持木 健太

新システム導入時には、初期費用やランニング費用が発生しますが、事前に削減できるコストを算出しておくことで、投資対効果が明確になります。具体的には、保管費用や郵送費だけでなく、効率化によって削減される時間コストも試算しておくことが重要です。

6. 電子帳票システムの導入前チェックリスト

多くのメリットがある電子帳票システムですが、計画なく導入すると「思ったように使われない」「かえってコストがかかった」といった失敗に陥りがちです。ここでは、よくある失敗例を先に紹介します。これらの失敗から学び、後悔しないシステム選びをするための最終確認チェックリストをご活用ください。

失敗例1：コストが想定以上にかかってしまった

安価なプランで契約したものの、必要な機能がすべてオプションで結果的に高額になったり、帳票の取扱量が少なく費用対効果が見合わなかったりするケースです。月額料金だけでなく、初期費用やオプション料金を含めた総コストで判断する必要があります。

失敗例2：社内に浸透せず、結局使われなくなった

情報システム部門だけで導入を決定し、現場の業務フローに合わなかったり、操作が複雑で誰も使えなかったりするパターンです。実際にシステムを利用する現場担当者を巻き込み、誰もが直感的に使えるシステムを選ぶことが重要です。

失敗例3：セキュリティリスクへの配慮が不足していた

安易にセキュリティが脆弱なシステムを選んでしまい、不正アクセスや情報漏洩につながるケースです。事業者のセキュリティ対策を確認するとともに、社内でもアクセス権限を厳密に管理するルール作りが不可欠です。

失敗例4：システム障害で業務が停止してしまった

万が一のシステム障害に備えておらず、データが消失したり、復旧まで業務が完全にストップしてしまったりする失敗例です。事業者のデータバックアップ体制や、障害発生時の復旧計画を事前に確認しておく必要があります。

導入前の最終確認チェックリスト

これらの失敗を避けるため、契約前に以下の項目を必ずチェックしましょう。

ＴＯＭＡコンサルタンツグループ株式会社/取締役持木 健太

電子帳簿保存法に対応したシステムの導入を検討する際は、解約時の対応方法にも注意が必要です。サービスを解約した後も、法定保存期間のデータを保持できるか、あるいは、データの一括出力によって法要件を満たせる仕様になっているかなど、事前に確認しておきましょう。

7.【帳票管理・保管タイプ】おすすめ電子帳票システム12選

ここからは、紙も電子もまとめてペーパーレス化できる「帳票管理・保管タイプ」の製品をご紹介します。AI-OCR機能や検索機能に優れた製品が多く、書類を探す手間を大幅に削減します。

【帳票管理・保管】迷ったらこの3製品

【帳票管理・保管】その他の製品一覧

以下の比較表では、帳票管理や保管に特化した他製品の無料トライアルやサポート体制、特徴をまとめています。

「DenHo」

大手企業での実績も豊富なAI技術で、紙の帳票や手書きのメモも自動でデータ化します。全文検索機能で過去の書類もすぐに見つかり、テレワークを強力に後押しします。

DenHoの料金、特徴、強みを解説｜月額9,000円からスモールスタートが可能

「eValue V Air ドキュメント管理」

アクセス権管理や印刷・持ち出し制限など、強固なセキュリティが特徴です。電子帳簿保存法のスキャナ保存要件にも対応し、重要な証憑書類も安心して管理できます。

「invoiceAgent 文書管理」

電子帳簿保存法に対応し、文書の発生から保管、廃棄までのライフサイクルを適切に管理します。インボイス制度にも対応し、文書管理業務全体の効率化を実現します。